Mon chemin hétérodoxe

Je vais dire cela avec un soupir
Quelque part des âges et des âges:
Deux routes ont divergé dans un bois et je ...
J'ai pris celui moins voyagé par,
Et cela a fait toute la différence.

Robert Frost

Je suis né scientifique orthodoxe, projeté sur un tapis roulant de promesses académiques conventionnelles. Ma mère était un biologiste moléculaire et mentor renommé qui a nourri ma curiosité scientifique dès mon plus jeune âge, qui m'a expliqué les cellules pendant que nous étions assis autour de la table du dîner, qui m'a raconté des histoires de photosynthèse catalysant la conversion du dioxyde de carbone en sucre et en oxygène alors que je n'avais que 5 ans.

« Qu’est-ce que le dioxyde de carbone ? » demandais-je.

« Excellente question ! » s'exclamait ma mère avec un enthousiasme contagieux. « L'univers entier, tout ce que tu peux voir, sentir et toucher, est composé d'atomes… » Elle me prit par le bras et dit : « Si tu zoomes sur ta peau, tu découvriras qu'elle est composée de bulles vivantes appelées cellules. Si tu zoomes sur les cellules, tu verras qu'elles sont constituées de choses encore plus petites appelées molécules – graisses, protéines, sucres, acides nucléiques – et si tu zoomes sur les molécules, tu verras qu'elles sont constituées d'éléments constitutifs appelés atomes. Le dioxyde de carbone est une molécule, composée d'un atome de carbone et de deux atomes d'oxygène. La majeure partie de l'air que nous respirons est composée de dioxyde de carbone… quand nous inspirons, nous respirons de l'oxygène, et quand nous expirons, nous expirons du dioxyde de carbone… » Elle poursuivait, reliant l'air que j'expire à l'air que les plantes respirent aux sucres que je mange dans mes céréales.

Autant dire que, né avec un tel privilège scientifique, grâce à une mère brillante, j'ai réussi mes études avec brio. J'ai adoré tout ce que j'ai étudié, j'ai obtenu deux diplômes – biologie et mathématiques appliquées – et j'ai failli avoir des options mineures en chimie et psychologie. J'ai fait de la recherche en licence et j'ai été admis au prestigieux programme de bourses de recherche de la National Science Foundation. J'ai postulé à de nombreux doctorats et j'ai été accepté à Harvard, Stanford, Princeton, et ailleurs. J'ai obtenu mon doctorat à Princeton en seulement quatre ans et demi d'études sous la direction d'un directeur de recherche renommé – le Dr Simon Levin – et j'ai ensuite obtenu un postdoctorat à l'Université Duke.

J'ai continué sur la voie de l'orthodoxie académique, en travaillant dans une équipe financée par la DARPA qui étudie la propagation des virus des chauves-souris à partir de 2017. J'ai aidé l'équipe avec laquelle je travaillais à rédiger une subvention DARPA PREEMPT réussie visant à prévoir la propagation des henipavirus des chauves-souris et à prévenir l'émergence de ces virus dangereux. J'ai publié des articles, a développé des méthodes nouvelles et innovantes aux frontières des mathématiques et de la biologie. J'ai suivi un chemin facile menant directement aux couloirs de l'académie, bordés de portraits d'anciens universitaires, avec de grands espoirs pour mon propre portrait au bout du couloir.

C'était avant. Le chemin orthodoxe que j'avais parcouru en 2019 est désormais noyé dans le brouillard, les salles royales et les portraits sont engloutis par les flammes, le rêve académique est mort.

Que s'est-il passé ? Où ai-je mal tourné ?

À quel moment ai-je emprunté le chemin le moins fréquenté ?

Mes péchés hétérodoxes

En tant que scientifique, je ne peux m'empêcher de décomposer mes observations en une série d'unités concrètes de temps et de causalité, des événements dont j'espère comprendre les mystères et les raisons. Si je comprends chaque événement individuellement, peut-être que l'ensemble des événements prendra plus de sens.

La pandémie de Covid-19 a marqué le début de la fin de mon image orthodoxe de moi-même. Une série d'événements a commencé à révéler que je n'étais pas conventionnel, et ces événements m'ont non seulement fait prendre conscience de mon anormalité, mais aussi de l'insensibilité du monde universitaire envers les non-conformistes. Voici les événements qui m'ont intéressé, les positions non conventionnelles que j'ai adoptées et le traitement qui m'a été réservé.

Prédire une pandémie

Fin janvier-début février 2020, j'avais analysé les taux de croissance des cas à Wuhan, les rapports de cas révélant des taux élevés de faux négatifs aux tests PCR, l'étude de cas bavaroise classique de transmission avec des symptômes non spécifiques, et bien d'autres choses encore, et j'en suis venu à croire qu'une pandémie était inévitable. Mes estimations des taux de croissance des cas étaient beaucoup plus rapides, et mes méthodes différaient des méthodes conventionnelles car j'avais l'expérience de l'estimation des taux de croissance des stocks avec des méthodes peu utilisées en épidémiologie. Des taux de croissance plus rapides ont conduit à des estimations de prévalence plus élevées, renforçant la confiance dans un iceberg subclinique plus important de cas, reculant la date estimée du début de l'épidémie dans les zones liées à Wuhan, diminuant la probabilité que le dépistage des voyageurs puisse stopper une pandémie et augmentant le risque de pandémie.

J'ai essayé de partager mes conclusions sur les temps de doublement de 2 à 3 jours avec les universitaires de mon équipe DARPA PREEMPT, mais un professeur d'Oxford a déclaré, de façon mémorable, qu'il n'avait pas de temps à me consacrer et, pour le dire simplement, qu'il avait bien plus confiance dans les équipes de Harvard, de l'Imperial College de Londres et de la London School of Hygiene and Tropical Medicine qu'« un postdoctorant du Montana ». Les grandes institutions estiment toutes les temps de doublement à 6.2 jours, les faibles taux subcliniques et les fortes chances de succès du confinement. Par conséquent, compte tenu de leurs seules qualifications, lui – mon propre coéquipier – n'avait pas le temps d'écouter mon hétérodoxie. D'autres personnes de mon entourage étaient tout aussi réticentes, l'un d'eux affirmant que si je partageais mes résultats et que je me trompais, ils pourraient être relayés par Fox News, susciter un certain optimisme et me rendre directement responsable de millions de décès.

Dans ce cas précis, j'ai choisi de garder mes conclusions confidentielles. Ce sont des avertissements que le monde n'a jamais entendus ; l'hétérodoxe Cassandre s'est vu dire qu'elle n'était pas épidémiologiste et a été contrainte de rester dans son domaine. Au lieu d'informer le public de l'imminence d'une pandémie, ces conclusions ont servi à un fonds spéculatif à vendre à découvert le marché.

Le document sur le syndrome grippal (SG)

Parce que je croyais qu'il y avait une prévalence plus élevée et un taux de croissance plus rapide, j'ai émis l'hypothèse qu'il y aurait une augmentation du nombre de patients cherchant des soins dans les principales zones métropolitaines américaines comme New York d'ici mars-avril 2020. En conséquence de cette prévision mathématique, Justin Silverman, Nathaniel Hupert et moi-même avons gardé le doigt sur le pouls, en surveillant l'ensemble de données sur les maladies grippales du CDC, rapportant la fraction de patients consultant des prestataires de soins primaires sentinelles avec une maladie grippale (ILI).

Nous avons constaté une augmentation massive du nombre de patients en mars 2020. Nous avons converti cette augmentation du nombre de patients souffrant de syndrome grippal en une estimation du nombre brut : 8 millions de patients en surnombre, soit bien plus que les moins de 100,000 XNUMX cas recensés à cette époque. Notre article a été publié. choisi par Vue d'ensemble L'économiste ;, et nous avons immédiatement été attaqués par des collègues scientifiques (et non des trolls) qui nous ont accusés de perturber le message de santé publique, de minimiser la Covid (car plus de cas signifiait moins de décès par cas) et de susciter un certain complaisance. Même au sein de mon propre lieu de travail, certains des scientifiques qui m'avaient découragé de partager mes conclusions de février 2020 sont allés plus loin et ont commencé à m'en vouloir dans des diatribes sur Twitter ou même sur nos canaux Slack, trouvant de nombreuses occasions de me critiquer ou de contrecarrer mes efforts pour intégrer la communauté scientifique.

Prévisions pour l'automne 2020

Selon ma théorie, la théorie qui prédisait une pandémie et la poussée de mars 2020 avec des temps de doublement de 2 jours des admissions en soins intensifs dans tous les établissements de santé de New York, il était probable que la poussée de mars-avril 2020 à New York ait pris fin en raison de l'épuisement de la population sensible, un état de la population qu'avant le Covid nous appelions « immunité collective ».

Si cela était vrai, nous pourrions comparer les futures épidémies à celle de New York et constater que les cas ont atteint un pic avec un taux de mortalité similaire à celui de New York. Jutsin Silverman et moi-même avons développé un tableau de bord pour suivre les épidémies et les comparer à la courbe de New York. Durant l'été 2020, nous avons constaté que de nombreuses épidémies non maîtrisées corroboraient la courbe de New York. Les chiffres ci-dessous sont longs à comprendre, mais il s'agit essentiellement de séries chronologiques. une échelle de temps de fardeau, ce qui nous permet de comparer à des charges similaires les taux de croissance des épidémies qui ont lieu à des dates différentes.

En août 2020, j'ai partagé ces résultats avec l'équipe de prévision du CDC, fournissant un contexte pour les futures épidémies - si les épidémies aux États-Unis voient les cas culminer à 1 décès pour 1,000 2020 habitants, ma théorie développée depuis février XNUMX fournirait une explication : l'immunité collective.

Les épidémies de l’automne 2020 aux États-Unis ont universellement corroboré « la ligne de New York » comme quantile supérieur de l’intensité de l’épidémie (à la fois en termes de vitesse et de fardeau), en particulier celles qui se sont produites dans les États ou les comtés qui n’ont pas fait grand-chose pour atténuer la propagation du Covid-19.

J'ai réalisé de jolies figurines qui ont magnifiquement mis en lumière cette découverte. Cependant, à l'automne 2020, Déclaration de Great Barrington (GBD) a été rédigé pour souligner que nos modèles pourraient surestimer la gravité de la pandémie (ce que suggèrent également mes conclusions) et que les politiques de confinement pourraient être néfastes. Bien que la GBD ait été qualifiée de stratégie d'« immunité collective », les auteurs n'ont pas mentionné l'immunité collective, bien que je pense personnellement que les épidémies de l'automne 2020 ont atteint leur pic grâce à l'immunité collective, comme en témoigne leur convergence avec la ligne de New York. Vous trouverez ci-dessous le diagramme de phase inféré des épidémies de plus de 3,000 XNUMX comtés américains se concentrant vers leurs pics sous la ligne de New York bien avant l'arrivée des vaccins et avec des fardeaux bien inférieurs aux estimations conventionnelles indiquées par la ligne pointillée.

En octobre 2020, ma directrice de postdoctorat m'a demandé de ne pas partager mes conclusions. Elle craignait que mes affirmations sur l'immunité collective ne perturbent ses relations avec le gouvernement de l'État, qui lui donnait un million de dollars pour mener des expériences de dépistage et de traçage sur la population du campus, expériences qui n'étaient pas nécessaires selon ma théorie. Selon ma théorie, le gouvernement de l'État devrait allouer des ressources aux communautés tribales et rurales qui manquent de logements sociaux et d'accès aux soins, plutôt que de jouer avec des expériences de mise en quarantaine des étudiants.

J'ai quitté mon poste à l'Université d'État du Montana à cause de ces désaccords, en m'appuyant finalement sur la leçon que j'ai tirée du court métrage sur le Covid : si voir quelque chose et dire quelque chose dans le cadre de mon expertise va à l'encontre des conventions, alors je préfère partager mes découvertes et être critiqué plutôt que de ne pas partager mes découvertes et de regarder le monde souffrir dans une ignorance non préparée.

Défense de John Ioannidis

Le Dr John Ioannidis est un professeur renommé de Stanford. Au début de la pandémie de Covid-19, il a écrit des articles affirmant que nous prenions des décisions dans un contexte d'incertitude, que nos politiques pouvaient être néfastes et que la pandémie pourrait ne pas être aussi grave que prévu par les équipes conventionnelles.

Le Dr Ioannidis a été vilipendé par des universitaires virulents sur Twitter. Ces universitaires le considéraient comme un minimiseur et le critiquaient à la moindre occasion.

À un moment donné, le Dr Ioannidis a publié un article révélant que les universitaires ayant de nombreux abonnés sur Twitter n'avaient pas en réalité autant d'articles ou de citations ; autrement dit, les personnes se présentant comme « experts » sur Twitter ne sont peut-être pas les mieux placées pour obtenir une expertise. Le Dr Ioannidis a publié l'article avec des pseudos Twitter, et de nombreux universitaires ont lancé une campagne de protestation affirmant que la publication d'un article avec des pseudos Twitter était contraire à l'éthique, constituait une violation des règles du comité d'éthique de la recherche et constituait une forme de harcèlement susceptible de cibler des scientifiques.

J'ai exprimé mon désaccord. J'ai soutenu que cette règle était inventée de toutes pièces : les pseudonymes Twitter sont des données accessibles au public et il n'est pas nécessaire qu'un comité d'éthique interne les analyse et les publie. De plus, nombre des personnes qui critiquaient John Ioannidis pour harcèlement envers les scientifiques avaient largement partagé et soutenu un groupe du MIT publiant des pseudonymes qu'ils qualifiaient d'« anti-masques ». J'ai soutenu que, s'il y avait un problème éthique ici, c'était l'invention sélective d'une indignation éthique de la recherche pour attaquer Ioannidis, et l'éthique douteuse de scientifiques accolant des étiquettes désobligeantes comme « anti-masques » à des groupes de personnes qu'ils colorent comme anti-masques dans leurs schémas.

Immunité décroissante

Dans l’hypothèse où les épidémies de l’automne 2020 ont atteint un pic aux seuils d’immunité collective, la seule façon d’expliquer les épidémies suivantes est par un mélange d’immunité décroissante et d’immunoévasion.

J'ai brièvement abordé le chemin de l'orthodoxie en travaillant avec une équipe de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, qui tentait de comprendre le premier variant préoccupant, Alpha. Je travaillais pour des fonds spéculatifs et analysais des SPAC (sociétés d'acquisition à vocation spécifique, en fait des véhicules de capital-investissement pour les introductions en bourse) et je fournissais des une analyse « IPO » ou « observation phylogénétique initiale » de la transmissibilité de B.1.1.7.

Cependant, selon ma théorie, on s'attendrait à voir Alpha provoquer des vagues plus importantes dans les régions où les épidémies ont déjà eu lieu, vraisemblablement dans les régions où les poussées ont été plus faibles à l'automne 2020. C'est exactement ce que nous avons observé, et cela a prouvé le déclin de l'immunité.

Malheureusement, la baisse de l'immunité était considérée comme une désinformation au moment de cette découverte, car elle impliquait que l'immunité induite par le vaccin pourrait décliner. Si l'immunité naturelle et induite par le vaccin diminuait, on pourrait s'attendre à des poussées aux États-Unis environ six mois après l'épidémie de l'automne 6. Le taux de transmission lors de ces épidémies ultérieures serait fortement corrélé à la charge cumulée de ces épidémies et n'aurait aucune corrélation négative avec les taux de vaccination. C'est d'ailleurs ce que nous avons constaté en juillet 2020.

Si l'immunité diminue, le rapport coût-bénéfice d'une politique rendant la vaccination obligatoire change. On pourrait justifier la vaccination obligatoire si les épidémies de l'automne 2020 n'atteignaient pas les seuils naturels d'immunité collective et si l'immunité ne diminuait pas. Malheureusement, de mon point de vue théorique, il était probable que les épidémies de l'automne 2020 aient atteint un pic aux seuils naturels d'immunité collective et que l'immunité ait diminué, remettant en question la pertinence d'imposer des vaccins qui comportent certains risques et ne préviennent pas les infections futures.

Finalement, en août 2021, le CDC a publié les résultats d'une épidémie à Provincetown démontrant des preuves indiscutables d'une évasion immunitaire à 100 %, où les patients vaccinés avaient la même incidence que les patients non vaccinés.

Cette même théorie des seuils d'immunité collective naturelle à l'automne 2020 et de l'évasion immunitaire dans le Delta a conduit à l'hypothèse selon laquelle les futures épidémies auraient des échelles de temps caractéristiques, car elles épuiseraient les populations sensibles lors d'épidémies relativement non atténuées, s'attaquant aux populations dont l'immunité a diminué. Ci-dessus, nous voyons les épidémies d'Omicron dans les provinces sud-africaines définir les échelles de temps caractéristiques des épidémies d'Omicron dans les États américains, corroborant une fois de plus cette trajectoire théorique que j'ai suivie.

Origines du Covid

Rappelons qu'avant la Covid, j'étudiais la transmission des agents pathogènes des chauves-souris à l'homme, ainsi que les méthodes statistiques d'attribution des agents pathogènes à leurs hôtes ou à leurs sources. Une fois les prévisions d'épidémie terminées, je suis revenu à la question de la transmission des agents pathogènes, c'est-à-dire de l'attribution de cet agent biologique à sa source.

J'ai lu la littérature et j'ai constaté qu'elle était lacunaire, qu'elle tirait des conclusions inhabituellement solides, fondées sur des données et des analyses erronées, ou sur des hypothèses injustifiées. J'ai rédigé un article critiquant une étude, celle de Pekar et al., affirmant que les deux grandes branches à la base de l'arbre évolutif du SARS-CoV-2 témoignaient de deux événements de contagion. Nous avons démontré que les méthodes des auteurs ne justifiaient pas leurs conclusions et qu'ils excluaient en outre des séquences invalidant leur hypothèse de deux grandes branches à la base de l'arbre évolutif du SARS-CoV-2. Cela a suscité la colère des partisans de l'origine zoonotique et m'a mis dans le collimateur. Parcourez les commentaires de notre pré-impression pour avoir un aperçu.

L'article suivant, que j'ai contribué à rédiger avec Valentin Bruttel et Tony VanDongen, était bien plus hétérodoxe. La théorie de l'origine en laboratoire reposait sur l'hypothèse d'un site de clivage de la furine inséré, mais pour insérer un site de clivage de la furine dans un coronavirus, il faudrait réaliser une copie de l'ADN du virus. Nous avons trouvé des preuves dans le génome du SARS-CoV-2 compatibles avec les méthodes dominantes de fabrication de copies d’ADN des coronavirus.

Ceci a également été repris par The Economist ainsi que Telegraph et plus encore. Dans chaque cas, cependant, ces revues ont exacerbé la controverse fabriquée par les gardiens de l'orthodoxie, qui ont tous des liens étroits avec l'Institut de virologie de Wuhan, soupçonné d'avoir mené ces travaux, ou avec le NIAID, l'agence américaine de financement des sciences de la santé qui aurait financé en 2019 les chercheurs mêmes qui ont proposé d'insérer un site de clivage de la furine dans une copie d'ADN d'un coronavirus du SRAS à Wuhan en 2018.

Ma punition

Si des preuves récentes ont corroboré notre théorieTout comme les preuves issues d'échantillons ont corroboré ma théorie sur les épidémies de Covid et les seuils d'immunité collective, cette corroboration ne semble pas suffisante pour autoriser un retour à l'université. Le ton toxique des désaccords, les égos meurtris de professeurs renommés, dont les données elles-mêmes ont prouvé qu'ils avaient tort, ont créé une communauté d'orthodoxie toxique et indignée. Il n'y a aucun espoir de réadmission pour un pécheur comme moi, car après suffisamment de batailles et d'égos meurtris, il y aura dans chaque comité, chaque comité de rédaction, chaque conseil de conférence, quelqu'un que j'aurai offensé par mon hétérodoxie.

Aujourd’hui, dans mes interactions avec des universitaires orthodoxes qui cherchent désespérément à défendre leur territoire contre les hordes écrasantes de données et de preuves, je suis étiqueté par un alphabet écarlate d’hétérodoxie. Antivax, Bgarçon de pierre, minimiseur de Covid, DJe suis considéré comme un paria par bien des gens parce que j'ai eu la perspicacité de découvrir des choses et le courage de les défendre. Peu de choses aggravent autant l'ego d'un senior indigné que le refus d'un junior de céder. C'est comme si on me reprochait la fracture des poings de ceux qui m'ont frappé.

Je souhaitais partager ce parcours avec les futurs scientifiques qui envisagent leur carrière et hésitent sur la voie à suivre. Les croisements que j'ai rencontrés ici se retrouveront également. Vous pourriez trouver quelque chose de particulièrement visible pour quelqu'un possédant votre expertise, et vous pourriez être confronté à toutes sortes de situations, du découragement et des recommandations de ne pas partager vos travaux à une hostilité pure et simple, et, si vous les partagez, à l'aliénation de personnes que vous considériez autrefois comme vos collègues ou amis.

Vous verrez des signes vous orientant vers l'orthodoxie. Vous vous enfoncerez dans le maquis misérable, purulent et épineux de la controverse, sur le chemin de l'hétérodoxie, et vous serez peut-être tenté, à juste titre, de ne pas porter le H écarlate. Si vous souhaitez maintenir votre carrière telle que vous l'avez toujours imaginée, si vous recherchez le confort et la collégialité, alors, surtout, ne prenez pas de risques, ne faites rien de controversé et ne critiquez jamais les personnes qui occupent des postes de pouvoir. Votre portrait pourrait bien orner les couloirs d'un immeuble, et vous ne connaîtrez jamais rien d'autre que l'amour pour l'immeuble qui vous a accueilli, ou du moins pour la version de vous-même qui a choisi de ne rien faire de controversé.

Mon abandon du sentier de l'orthodoxie et mon ascension des pentes raides de l'hétérodoxie ont, en effet, fait toute la différence. Au fond de moi, je suis toujours l'enfant de ma mère, curieux du dioxyde de carbone, fasciné par la photosynthèse, émerveillé par les atomes.

En suivant la voie de l'hétérodoxie, j'ai été écorché, meurtri, frappé, battu et sermonné, mis au pilori numérique et insulté. Je recommencerais, car c'est seulement sur ce chemin qu'on découvre qui l'on est. Avec le temps, vous trouverez d'autres personnes assez courageuses pour défendre leurs principes, et un seul ami hétérodoxe est un allié plus puissant que cent collègues orthodoxes. Ici, sur la colline venteuse et pluvieuse de l'hétérodoxie, vous trouverez une communauté d'esprits brillants, de vrais amis qui privilégient l'appartenance à la croyance, et vous apprendrez à rire sous les coups, à devenir plus fort sous les attaques, à aimer sous la haine.

Je ne recommanderais pas l'ascension exténuante de l'hétérodoxie à un collègue, mais seulement aux amis les plus forts, les plus brillants, les plus authentiques et les plus courageux. Si vous parvenez à survivre à cette ascension, vous découvrirez vos forces et vous vous épanouirez.

Vous serez peut-être méprisé par des personnes méprisables qui vous ont trouvé utile lorsque vous avez façonné votre âme à leur mesure, mais vous serez aussi admiré par les admirables scientifiques hétérodoxes qui vous ont précédé. Vous serez aimé et respecté au sein d'une communauté diversifiée d'âmes authentiques et libres, et même si nous ne sommes pas d'accord, nous le ferons poliment et de manière à ce que vous ayez toujours votre place dans notre communauté, car peu d'entre nous comprennent mieux le caractère corrosif de l'intolérance que ceux d'entre nous qui ont été exilés dans cette cité hétérodoxe perchée sur une colline.

Réédité de l'auteur Substack