L'Université de Sydney limite les thèses de doctorat à 80,000 100,000 mots (hors références). En théorie, les évaluateurs externes ne souhaitent pas lire plus que cela (vraiment !). On peut demander au doyen d'augmenter la limite à 140,000 XNUMX mots, ce que j'ai fait. Mais ma thèse, telle qu'elle était initialement rédigée, approchait plutôt les XNUMX XNUMX mots. J'ai donc dû supprimer trois chapitres que j'appréciais particulièrement : l'économie politique des théories de la causalité génétique, la capture de la médecine factuelle par Big Pharma et l'histoire de la réglementation du mercure.
Je pense que certaines informations contenues dans ces chapitres supprimés pourraient être utiles aux décideurs politiques de Washington, DC, qui cherchent à comprendre comment gérer les épidémies de maladies chroniques chez les enfants. Je partage donc aujourd'hui mon chapitre 6 original (légèrement mis à jour), inédit, qui remet en question le paradigme du déterminisme génétique dans la causalité des maladies.
I. Introduction
Dans le premier chapitre, j'ai montré que l'augmentation de la prévalence de l'autisme est principalement due à des facteurs environnementaux (un pourcentage plus faible étant dû à l'expansion diagnostique et à la génétique). Il est donc nécessaire d'expliquer comment les théories génétiques sont devenues le discours dominant dans le débat sur l'autisme. L'hégémonie des théories génétiques sur les causes des maladies a un coût considérable pour la société, car elles évincent des alternatives plus prometteuses. Ce problème est particulièrement aigu dans le domaine de l'autisme, où la recherche génétique accapare la grande majorité des financements de recherche, et ce depuis plus de vingt ans. Ainsi, l'une des clés pour lutter efficacement contre l'épidémie d'autisme sera de démontrer les failles de l'approche génétique des causes des maladies et de la remplacer par une ontologie plus complète et plus explicative.
Pour replacer ce débat dans son contexte, je souhaite récapituler l'argument génétique lié à l'autisme tel que je l'ai présenté jusqu'à présent. Dans les années 1990, il était courant pour les scientifiques, les médecins et les décideurs politiques de rassurer les parents inquiets sur le caractère génétique de l'autisme. Si l'on se hasardait à une hypothèse, l'explication était que l'autisme était à 90 % génétique et à 10 % environnemental. L'État de Californie a ensuite mandaté 16 des plus grands généticiens du pays (Hallmayer et al., 2011) pour étudier les actes de naissance de tous les jumeaux nés dans l'État entre 1987 et 2004. Hallmayer et al. (2011) ont conclu qu'au maximum, la génétique explique 38 % de l'épidémie d'autisme, et ils ont souligné à deux reprises qu'il s'agissait probablement d'une surestimation. Blaxill (2011) soutient que le consensus final sera à 90 % environnemental et à 10 % génétique. Et dans le chapitre 5, j'ai montré un modèle de Ioannidis (2005b, p. 700) qui suggère que seulement 1/10th 1 % des « études de recherche exploratoire axées sur la découverte » (qui incluent des études nutritionnelles et génétiques avec un nombre massif de variables concurrentes) sont reproductibles.
Pourtant, une part disproportionnée des fonds fédéraux consacrés à la recherche sur l'autisme est consacrée à l'étude des théories génétiques de la causalité de la maladie. En 2013, le Comité de coordination interinstitutions pour l'autisme a consacré 308 millions de dollars à la recherche sur l'autisme, répartis entre toutes les agences fédérales et les bailleurs de fonds privés participant à la recherche (IACC, 2013a). Ce montant est étonnamment faible, compte tenu des estimations selon lesquelles l'autisme coûte actuellement 268 milliards de dollars par an aux États-Unis (Leigh et Du, 2015).
Si l'on examine de plus près la manière dont l'IACC a dépensé les 308 millions de dollars, on constate qu'ils sont largement consacrés à la recherche génétique (surtout si l'on examine le financement de la catégorie « Quelles sont les causes de ce phénomène et peut-on l'éviter ? ») (IACC, 2013b). Ceci en dépit du fait que plusieurs groupes de médecins et de scientifiques de renom, dont Gilbert et Miller (2009), Landrigan, Lambertini et Birnbaum (2012), l'American College of Obstetricians and Gynecologists (2013) et Bennett et al. (2016), ont tous conclu que l'autisme et d'autres troubles du développement neurologique sont probablement causés par des facteurs environnementaux.
Dans ce chapitre, je vais :
- fournir un bref historique de la génétique;
- montrer qu'un gène est un idée sur la façon dont la biologie pourrait fonctionner et qui n’a pas bien résisté au temps ;
- discuter des inconnues révélées par l’ouverture de la boîte de Pandore des traitements génétiques ;
- expliquer les avancées les plus récentes et les métaphores utilisées pour décrire les gènes ;
- documenter la recherche infructueuse de gènes qui pourraient expliquer divers problèmes de santé mentale ;
- examiner les changements dans la façon dont les scientifiques pensent à la génétique en lien avec l'autisme ; et
- explorer l’économie politique de la recherche génétique.
Tout d'abord, je définirai quelques termes utilisés dans ce chapitre (tous issus du NIH). La génétique est « l'étude des gènes et de leur rôle dans l'hérédité ». La génomique est « l'étude de tous les gènes d'une personne (le génome), y compris leurs interactions entre eux et avec l'environnement ». Et le génome est « l'ensemble des instructions génétiques présentes dans une cellule. Chez l'homme, le génome est constitué de 23 paires de chromosomes, situés dans le noyau, ainsi que d'un petit chromosome, situé dans les mitochondries. Chaque ensemble de 23 chromosomes contient environ 3.1 milliards de bases de séquence d'ADN. »
II. Une très brève histoire de la génétique
L'histoire de la génétique commence avec le moine autrichien Gregor Mendel dans les années 1860 et ses expériences sur les pois. Il a étudié la transmission de la couleur des fleurs, de la forme et de la texture des graines entre les générations de pois. Mais Mendel n'a jamais vu de « gène » (terme inventé après lui) ; il pensait simplement qu'un « facteur » devait sûrement exister pour expliquer ce qu'il observait, et une grande partie des recherches menées au cours des 150 dernières années a consisté à trouver ce facteur (Hubbard, 2013, p. 17-18).
Les travaux de Mendel restèrent dans l'oubli jusqu'en 1900, année où ils furent redécouverts par des biologistes désormais capables d'observer les structures à l'intérieur du noyau cellulaire. Le botaniste danois Wilhelm Johannsen utilisa pour la première fois le mot « gène » en 1905 pour décrire les « facteurs » manquants de Mendel. Mais on ne savait toujours pas à quelle structure biologique à l'intérieur de la cellule le mot « gène » pouvait s'appliquer. Des expériences sur des drosophiles suggérèrent que « les gènes doivent être disposés le long des chromosomes, comme des perles sur un fil », mais cela resta une hypothèse (Hubbard, 2013, p. 18).
James Watson et Francis Crick (1953) furent les premiers à décrire le modèle de la structure de l'ADN en double hélice, et cette découverte leur valut plus tard le prix Nobel de physiologie. Enfin, l'emplacement du « gène » semblait avoir été trouvé ; il ne restait plus qu'à déterminer quelle molécule d'ADN codait pour quel phénotype. Convaincu d'avoir trouvé une piste importante, Crick déclara un jour à ses collègues au pub que lui et Watson avaient « trouvé le secret de la vie » (Hubbard, 2013, p. 19-20).
Des études plus récentes révèlent que Watson et Crick se sont probablement attribué le mérite des découvertes initialement faites par Rosalind Franklin (voir « Rosalind Franklin et la double hélice » [2003] et Rosalind Franklin : La Dame Noire de l'ADN [2003]).
Le Congrès a autorisé le Projet Génome Humain (PGH) en 1984, qui a été officiellement lancé six ans plus tard. Ce projet, doté de 3 milliards de dollars, visait à cartographier, pour la première fois, les plus de trois milliards de paires de bases nucléotidiques qui composent le génome humain. L'objectif était de permettre aux scientifiques d'identifier les gènes responsables de maladies aussi diverses que les maladies cardiaques et le cancer, et de développer des traitements pour améliorer la santé et prolonger la vie.
La théorie à l'origine du projet HGP – selon laquelle les gènes sont à l'origine de nombreux types de maladies – semblait prometteuse. Avant la finalisation du projet HGP, des polymorphismes mononucléotidiques avaient été identifiés, augmentant le risque de mucoviscidose, de drépanocytose et de maladie de Huntington ; une variante d'un seul gène avait également été associée à la maladie d'Alzheimer, et des mutations de deux gènes, BRCA 1 et 2, sont associées à un risque accru de cancer du sein (Latham et Wilson, 2010). Il n'est donc pas étonnant que, lorsque l'autisme est devenu un problème de santé publique à la fin des années 1980, de nombreux membres de la communauté scientifique se soient tournés vers des explications génétiques.
Lorsque la première ébauche de la séquence du génome humain fut annoncée en juin 2000, le président Clinton la qualifia de « langage dans lequel Dieu créa la vie » (Hubbard, 2013, p. 23). Il poursuivit en affirmant que cette découverte allait « révolutionner le diagnostic, la prévention et le traitement de la plupart, voire de toutes les maladies humaines » (Ho, 2013, p. 287). Lors d'une conférence de presse, Francis Collins annonça que le diagnostic génétique des maladies serait réalisé d'ici dix ans et que les traitements débuteraient cinq ans plus tard (soit en 2015) (Wade, 2010, para 6). « William Haseltine, président du conseil d'administration de Human Genome Sciences, qui participait au projet génome, nous assura que “la mort est une série de maladies évitables”. L'immortalité, semblait-il, était imminente » (Lewontin, 2011).
Mais alors même que le Projet Génome Humain touchait à sa fin, certains signes montraient que ces affirmations étaient exagérées. Craig Venter, dont l'entreprise privée Celera Genomics avait concurrencé le Projet Génome Humain, financé par des fonds publics, déclarait en 2001 : « Nous ne disposons tout simplement pas de suffisamment de gènes pour que cette idée de déterminisme biologique soit fondée. La merveilleuse diversité de l'espèce humaine n'est pas inscrite dans notre code génétique. Notre environnement est crucial » (McKie, 2001). Malgré tout, une vague de financement a afflué, diverses entreprises de biotechnologie tentant de transformer la recherche génétique en traitements brevetables et rentables.
Au début des années 2000, les chercheurs se limitaient largement aux études d'association de gènes candidats (CGA). Relativement peu coûteuses, ces études commencent par des cibles génétiques probables (généralement parce qu'elles ont été associées à une maladie lors d'études antérieures sur l'homme ou l'animal), puis testent des sujets humains atteints de cette maladie pour voir si ces mêmes séquences d'ADN apparaissent (Patnala, Clements et Batra, 2013). Plus de 600 associations entre des gènes particuliers et diverses maladies ont été rapportées (Hirschhorn et al., 2002). Mais les taux de réplication étaient catastrophiques. Hirschhorn et al. (2002) ont constaté que seulement 3.6 % des associations rapportées étaient répliquées avec succès (et même dans ce cas, la mise en garde habituelle s'applique : corrélation n'est pas synonyme de causalité).
Cependant, le coût du séquençage du génome a rapidement diminué et des centaines d'études d'association pangénomique (AGP) ont été lancées pour identifier les gènes associés à environ 80 maladies différentes (Latham et Wilson, 2010). Comme son nom l'indique, une étude AGP compare l'ensemble du génome de différents individus et recherche des associations entre des traits communs et des séquences d'ADN particulières (Hardy et Singleton, 2009).
La première étude d'association pangénomique a été publiée en 2005 et, en 2009, 400 études d'association pangénomique avaient été réalisées, pour un coût de plusieurs millions de dollars chacune ; mais elles n'ont produit presque rien d'utile (Wade, 2010). Goldstein (2009) dans NEJM écrivait que la recherche génomique « avait beaucoup moins d'impact phénotypique que prévu » (p. 1696). Wade (2010) écrivait : « En effet, après dix ans d'efforts, les généticiens sont presque revenus à la case départ pour savoir où chercher les causes des maladies courantes. » Lewontin (10) écrivait : « L'étude des gènes de maladies spécifiques a effectivement eu une valeur limitée. »
Mais un phénomène curieux s'est alors produit. Face aux preuves accablantes de l'échec de la CGA et de la GWA à établir un lien entre les gènes et la plupart des maladies majeures, les chercheurs en génétique se sont regroupés et ont déclaré que les gènes responsables de diverses maladies devaient certainement exister ; le problème résidait simplement dans l'inadéquation des outils permettant de les trouver ou dans la dissimulation inattendue des gènes (Manolio et al., 2009 ; Eichler et al., 2010). Les généticiens ont commencé à appeler ces gènes invisibles « matière noire », justifiant ainsi : « on est sûr de leur existence, on peut détecter leur influence, mais on ne peut tout simplement pas (encore) la " voir " » (Manolio et al., 2009).
Les investisseurs et les gouvernements semblent convaincus par cette théorie de la « matière noire » et continuent d'investir des milliards de dollars dans la recherche génétique et génomique. Cependant, un nombre croissant de critiques s'élèvent pour affirmer que les théories génétiques des maladies constituent un paradigme obsolète, non scientifique et/ou éthiquement douteux, qui devrait être remplacé par des représentations plus précises des systèmes biologiques. Krimsky et Gruber (2013) ont rassemblé 17 de ces critiques dans l'ouvrage collectif. Explications génétiques : sens et non-sens, et je m’appuie sur leur travail dans le reste de ce chapitre.
III. Un gène est une « idée » mais ne reflète pas réellement le fonctionnement de la biologie
De nombreux auteurs de Krimsky et Gruber (2013) soutiennent que l'idée d'un « gène » – une molécule maîtresse unique contenant un plan directeur déterminant les résultats phénotypiques – est un mythe qui ne décrit pas précisément le fonctionnement des cellules et des organismes. Krimsky (2013) explique que Watson et Crick ont notamment popularisé leur découverte de l'ADN en construisant un modèle métallique de la double hélice. Il appelle cela le « modèle Lego » et affirme qu'il a depuis subi de nombreuses révisions (Krimsky, 2013, p. 3).
Plutôt que de considérer les gènes comme des entités fixes dans une structure statique en attente d’auto-activation, la conception actuelle considère le génome comme plus caractéristique d’un écosystème — plus fluide, plus dynamique et plus interactif que ne l’implique le modèle Lego (Krimsky, 2013, p. 4).
Dupré (2012) soutient que l’ADN n’est ni un plan ni un code informatique pour les résultats biologiques, mais plutôt une sorte d’entrepôt sur lequel le corps peut puiser à diverses fins.
Français L'hypothèse selon laquelle des fragments identifiables d'une séquence d'ADN constituent même des « gènes » pour des protéines particulières s'est avérée généralement fausse. L'épissage alternatif de fragments de séquences particulières, les cadres de lecture alternatifs et l'édition post-transcriptionnelle – certains des processus qui se produisent entre la transcription de l'ADN et le formatage d'un produit protéique final – font partie des processus dont la découverte a conduit à une vision radicalement différente du génome… Les séquences codantes du génome sont donc mieux considérées comme des ressources utilisées de diverses manières dans divers processus moléculaires et pouvant intervenir dans la production de nombreuses molécules cellulaires différentes, plutôt que comme une sorte de représentation d'un résultat moléculaire, et encore moins phénotypique (Dupré, 2012, pp. 264-265).
Richards (2001), dans un passage qui s’appuie sur des critiques antérieures de Dennett (1995) et Lewis (1999), se plaint que « la génétique moléculaire donne souvent l’impression d’un réductionnisme avide, essayant d’expliquer trop de choses, trop vite, sous-estimant la complexité et sautant des niveaux entiers de processus dans la hâte de tout relier aux fondements de l’ADN » (p. 673).
IV. Constructions culturelles et résultats imprévisibles
Hubbard (2013) confirme que des découvertes récentes suggèrent que la biologie fonctionne différemment de ce que Mendel imaginait. Il s'avère que l'idée d'un gène est souvent imprégnée des présupposés culturels des chercheurs de l'époque.
Hubbard (2013) écrit : « L'abréviation habituelle “le gène de” ne doit pas être prise au pied de la lettre. Pourtant, cette façon de concevoir les gènes a fait de l'ADN la “molécule maîtresse”, tandis que les protéines sont censées remplir des fonctions “de ménage”. (Et nul besoin d'être un postmoderniste convaincu pour déceler des préjugés de classe, de race et de genre dans cette façon de décrire les relations moléculaires.) » (p. 23).
Le réductionnisme cartésien qui caractérise une grande partie du débat de santé publique sur la causalité génétique des maladies peut en réalité entraver les changements de paradigme, car des milliards de dollars sont dépensés dans la recherche du « gène pour » alors qu’en fait, l’organisme humain et l’ADN lui-même ne fonctionnent pas de cette façon.
En un sens, le fait d’énoncer les séquences de As, G, C et T qui constituent le génome humain ne nous place pas conceptuellement très en avance par rapport à la situation où nous étions au début du XXe siècle, lorsque les biologistes ont décidé pour la première fois que les chromosomes et leurs gènes jouaient un rôle fondamental dans la façon dont les cellules et les organismes se répliquaient, mais n’avaient aucune idée de la façon dont cela pourrait se produire (Hubbard, 2013, p. 24).
Hubbard (2013) souligne que, malgré l'effervescence suscitée par la découverte de l'ADN, de la double hélice et de la cartographie du génome humain, se cache un potentiel de conséquences imprévues. Les systèmes biologiques sont plus complexes que ne le suggère la théorie monogénique de la causalité des maladies. Cela signifie qu'il est tout simplement impossible de prédire l'issue des interventions génétiquement modifiées.
La biotechnologie — l'industrie du « génie génétique » — repose sur l'hypothèse que les scientifiques non seulement comprennent, mais peuvent aussi anticiper et orienter les fonctions des séquences d'ADN qu'ils isolent des organismes ou fabriquent en laboratoire. L'industrie promet volontiers de pouvoir anticiper les effets potentiels du transfert de séquences d'ADN spécifiques, quel que soit leur lieu d'obtention et leur mode d'obtention, vers des bactéries, des plantes ou des animaux, y compris l'homme, et ainsi améliorer les caractéristiques ciblées. En réalité, de telles opérations peuvent avoir trois conséquences possibles : (1) dans l'environnement inhospitalier des cellules de l'espèce hôte, les séquences d'ADN insérées ne parviennent pas à spécifier les protéines visées, de sorte qu'il ne se produit rien de nouveau ; (2) la séquence insérée assure la synthèse du produit protéique souhaité en quantité, au moment et au lieu appropriés ; et (3) des conséquences imprévues et inattendues s'ensuivent, car l'ADN inséré est épissé au mauvais endroit du génome de l'organisme hôte et perturbe ou altère une ou plusieurs de ses fonctions vitales.
La première alternative est une perte de temps et d'argent, la seconde est source d'espoir, et la troisième est source de danger. Pourtant, on ne peut prédire a priori laquelle de ces deux options se produira, ni d'une manipulation génétique à l'autre, car les conditions à l'intérieur et autour des organismes hôtes sont susceptibles d'évoluer au fil du temps.
Si Hubbard a raison – il est impossible de prédire à l'avance l'impact d'un organisme génétiquement modifié sur son hôte – cela pourrait avoir de profondes implications pour le débat sur l'autisme. En effet, l'un des changements qui ont suivi l'adoption de la loi nationale de 1986 sur les blessures causées par les vaccins chez les enfants a été l'introduction des vaccins génétiquement modifiés – à commencer par le vaccin contre l'hépatite B en 1987. Quatre vaccins génétiquement modifiés figurent actuellement sur le calendrier vaccinal recommandé par les CDC pour l'ensemble de la population : l'hépatite B, le virus du papillome humain (VPH), la grippe et la Covid-19. Depuis 2006, le MMRII est cultivé dans un milieu contenant de l'albumine humaine recombinante (génétiquement modifiée) (Wiedmann et al. 2015, p. 2132).
Certains chercheurs craignent que le vaccin contre l'hépatite B soit responsable de la forte augmentation de la prévalence de l'autisme (Gallagher et Goodman, 2008 et 2010 ; Mawson et al., 2017a et 2017b). Mais il n'est même pas nécessaire d'accepter les conclusions de ces études ou les témoignages de parents pour s'en inquiéter. Hubbard (2013) affirme que le génie génétique est un domaine encore balbutiant, incapable d'en prédire précisément les effets. Que les décideurs politiques exigent des interventions médicales impliquant des organismes génétiquement modifiés dès le premier jour de vie comme condition de citoyenneté (pour l'admission en crèche, à l'école, à certains emplois, aux prestations sociales, etc.) semble une exagération extraordinaire qui ouvre potentiellement la porte à des conséquences imprévues.
V. Vers une nouvelle compréhension (et un meilleur ensemble de métaphores pour décrire) de la science génétique
Keller (2013), Moore (2013) et Talbott (2013) soutiennent que l’idée du « gène » est dépassée et constitue une tentative de décrire plus précisément l’état actuel de la science génétique.
Keller (2013) note que « les débuts du Projet Génome Humain ont fait miroiter la possibilité, à terme, de remplacer simplement les séquences défectueuses par des séquences normales (thérapie génique), mais cet espoir ne s'est pas concrétisé » (p. 38). La raison en est que notre compréhension actuelle du fonctionnement de l'ADN est radicalement différente de celle initialement imaginée par Mendel, Watson et Crick, ou même par le Projet Génome Humain (p. 38).
Les interactions causales entre l'ADN, les protéines et le développement des caractères sont si intriquées, si dynamiques et si dépendantes du contexte que la question même de la fonction des gènes n'a plus beaucoup de sens. En effet, les biologistes ne sont plus convaincus qu'il soit possible d'apporter une réponse univoque à la question de la définition d'un gène. Le gène particulaire est un concept qui a prêté à une ambiguïté et une instabilité croissantes au fil des ans, et certains ont commencé à affirmer qu'il a fait son temps. (Keller, 2013, p. 40)
Comme mentionné précédemment, les « facteurs » de Mendel étaient comparés à un maître donnant des instructions à un serviteur. Les métaphores ultérieures pour les gènes comprenaient le gène, la cellule et/ou le corps comme une machine, et l'ADN comme un code informatique que le corps exécute ensuite. Keller (2013) soutient que toutes ces notions sont dépassées, tout comme l'idée que l'ADN est un agent causal :
Les biologistes d'aujourd'hui sont bien moins enclins que leurs prédécesseurs à attribuer une influence causale aux gènes ou à l'ADN lui-même. Ils reconnaissent que, aussi crucial soit le rôle de l'ADN dans le développement et l'évolution, il ne fait rien par lui-même. Il ne crée pas de trait ; il n'encode même pas un « programme » de développement. Il est plus juste de considérer l'ADN d'une cellule comme une ressource permanente sur laquelle elle peut s'appuyer pour sa survie et sa reproduction, une ressource qu'elle peut déployer de multiples façons, une ressource si riche qu'elle lui permet de s'adapter à son environnement changeant avec une extrême subtilité et une grande variété. En tant que ressource, l'ADN est certes indispensable – on peut même dire qu'il est une ressource primaire – mais il est toujours et nécessairement intégré dans un système extrêmement complexe et intriqué de ressources en interaction qui, collectivement, sont à l'origine du développement des traits (p. 41).
La presse écrite, Internet et les journaux télévisés regorgent d'articles sur la découverte d'un gène responsable de toutes sortes de maladies, de l'obésité à l'infidélité en passant par l'affiliation politique. Moore (2013) soutient que cela va à l'encontre de la vision que la plupart des généticiens ont de leurs recherches :
La plupart des scientifiques qui étudient réellement le matériel génétique, l'ADN, ne croient plus que les gènes déterminent à eux seuls ces caractéristiques. Étonnamment, un consensus croissant se dégage également parmi ces scientifiques quant à la nécessité de repenser l'une des hypothèses fondamentales de cette théorie : l'existence même des gènes (p. 43).
L'un des nombreux problèmes des théories monogéniques est qu'elles négligent le rôle de l'environnement et des autres systèmes biologiques de l'organisme. Moore (2013) écrit :
[L]es biologistes ont appris que nos caractéristiques émergent toujours à la suite du processus de développement, qui implique toujours des interactions entre l'ADN et des facteurs environnementaux (Gottlieb et al. 1998, Lickliter et Honeycutt, 2010, Meaney, 2010, et Moore, 2006). Ces facteurs comprennent à la fois l'environnement extérieur à notre corps et des facteurs non génétiques (comme les hormones, par exemple) présents dans notre corps (et nombre de ces facteurs non génétiques présents dans notre corps peuvent être influencés par l'environnement extérieur à notre corps). Ainsi, bien que nos traits soient toujours influencés par des facteurs génétiques, ils le sont toujours aussi par des facteurs non génétiques ; les gènes ne déterminent pas nos caractéristiques, comme le suggère la théorie mendélienne (p. 46).
De plus en plus, le récit déterministe de Mendel a été remplacé par la compréhension selon laquelle le même brin d’ADN peut fonctionner de manières très diverses en fonction de ses interactions avec d’autres parties de la cellule, des hormones et des facteurs environnementaux :
Nous savons désormais que l'ADN ne peut être considéré comme contenant un code spécifiant des résultats prédéterminés (ou indépendants du contexte) (Gray, 1992). En réalité, cela signifie qu'un même segment d'ADN peut accomplir deux choses totalement différentes dans des organismes différents (car des organismes différents peuvent fournir des contextes différents à leurs gènes)… De fait, une importante équipe de biologistes a récemment conclu que les différents produits protéiques codés par « des gènes de mammifères individuels… pourraient avoir des fonctions apparentées, distinctes, voire opposées » (Wang et al., 2008) (in Moore, 2013, p. 47).
Moore (2013) remet même en question la compréhension conventionnelle de trois cas prototypiques où il est apparu au départ qu’un seul « gène » (ou l’absence d’un seul « gène ») était à l’origine d’une maladie :
Même les symptômes de maladies comme la phénylcétonurie, la fibrose kystique et la drépanocytose — qui sont toutes des affections que l’on pensait autrefois directement causées par l’action de gènes uniques — sont désormais reconnus comme des phénotypes causés par une variété de facteurs qui interagissent de manière complexe au cours du développement (Estivill, 1996 ; Scriver et Waters (1999) (p. 48).
Talbott (2013) fournit quelques nouvelles métaphores conceptuelles utiles qui reflètent mieux l’état actuel de la pensée dans la recherche génétique.
Les voies de signalisation sont des moyens de communication essentiels au sein des cellules et entre elles. Dans le modèle mécanique de l'organisme, ces voies étaient simples, avec une entrée claire au début menant à une sortie tout aussi claire à la fin. Ce n'est plus le cas aujourd'hui, comme l'a découvert une équipe de biologistes moléculaires de l'Université libre de Bruxelles en étudiant la façon dont ces voies interagissent ou communiquent entre elles. La compilation des signalisations croisées entre seulement quatre de ces voies a produit ce qu'ils ont appelé un « graphique de l'horreur », et il a rapidement semblé que « tout influence tout ». En réalité, nous observons un processus « collaboratif » qui peut être « représenté comme une table autour de laquelle les décideurs débattent d'une question et répondent collectivement aux informations qui leur sont soumises » (Dumont et al., 2001 ; Levy et al. 2010). « Le récepteur activé ressemble moins à une machine et plus à un ensemble pléiomorphe ou à un nuage de probabilités d’un nombre presque infini d’états possibles, chacun pouvant différer dans son activité biologique » (Mayer et al., 2009, p. 81) (dans Talbott, 2013, p. 52).
Dans les recherches génétiques plus récentes, on observe qu'une même entité s'exprime de différentes manières. Talbott (2013) écrit : « Les mêmes protéines possédant les mêmes séquences d'acides aminés peuvent, dans des environnements différents, être considérées comme des molécules totalement différentes (Rothman, 2002, p. 265) dotées de propriétés physiques et chimiques distinctes » (p. 53).
Talbott (2013) soutient que les métaphores statiques, mécanistes et déterministes utilisées dans la presse populaire ne reflètent pas les dernières réflexions des généticiens eux-mêmes.
Le noyau cellulaire n'est pas un espace passif et abstrait, rempli de mécanismes, mais plutôt un espace dynamique et expressif. Sa performance s'inscrit dans la chorégraphie dont parlent aujourd'hui de nombreux chercheurs, et elle ne peut être réduite à un quelconque code génétique informatique. Le noyau cellulaire, dans sa gestuelle spatiale plastique, s'apparente davantage à un organisme qu'à une machine.
Il est intéressant de noter que Talbott (2013) indique que la génétique elle-même peut porter une part de responsabilité dans cette mauvaise compréhension de son travail :
Le chromosome, tout comme l'organisme dans son ensemble, est une sculpture vivante, en constante métamorphose. Autrement dit, il vit et s'exprime par l'activité gestuelle. La vérité ici est on ne peut plus éloignée des innombrables images transmises par les médias populaires à un public qui n'a aucun moyen de les corriger. Elle ne cadre pas non plus avec les références omniprésentes aux « mécanismes » et aux « explications mécanistes » par les biologistes mêmes à l'origine de toutes ces découvertes récentes (Talbott, 2013, p. 55).
Plus les scientifiques découvrent le fonctionnement réel de la génétique, plus ils révèlent à quel point nous en savons peu sur les causes des maladies ; mais les récits réductionnistes sur les causes génétiques persistent parce qu’ils sont rentables.
VI. La recherche infructueuse des gènes en psychiatrie et en psychologie
Les théories monogéniques de la causalité des maladies sont problématiques en général, et particulièrement en ce qui concerne les troubles psychiatriques. On peut avancer que le trouble du spectre autistique (TSA) n'est pas correctement compris comme un trouble psychiatrique, étant donné qu'il semble impliquer des pathologies touchant une multitude de systèmes différents, de l'intestin au système nerveux central. Or, le DSM-V classe le TSA comme un trouble psychiatrique ; pour les besoins de cette discussion, je me concentrerai donc sur les échecs d'identification des gènes responsables de divers troubles psychiatriques. Risch et al. (2009) ont observé que « peu, voire aucun, des gènes identifiés dans les études d'association de gènes candidats aux troubles psychiatriques ont résisté à l'épreuve de la réplication » (p. 2463 dans Joseph et Ratner, 2013, p. 95).
Joseph et Ratner (2013) avancent deux explications possibles au fait que les gènes responsables de diverses affections psychiatriques n'aient pas été découverts malgré des recherches approfondies (p. 95). D'une part, de telles séquences génétiques existent peut-être, mais n'ont tout simplement pas été trouvées en raison de méthodes inadéquates ou de tailles d'échantillon trop petites. C'est l'explication privilégiée par les chercheurs en génétique, les investisseurs et les agences gouvernementales de santé. D'autre part, il est possible que les gènes responsables de ces troubles psychiatriques n'existent tout simplement pas. C'est l'hypothèse défendue par Joseph et Ratner (2013).
Latham et Wilson (2010) notent qu'à quelques exceptions près, « selon les meilleures données disponibles, les prédispositions génétiques (c'est-à-dire les causes) ont un rôle négligeable dans les maladies cardiaques, le cancer, les accidents vasculaires cérébraux, les maladies auto-immunes, l'obésité, l'autisme, la maladie de Parkinson, la dépression, la schizophrénie et de nombreuses autres maladies mentales et physiques courantes… » Ils poursuivent : « Cette pénurie de gènes causant des maladies est sans aucun doute une découverte scientifique d'une importance considérable… elle nous indique que la plupart des maladies, la plupart du temps, sont essentiellement d'origine environnementale » (Latham et Wilson, 2010).
Même les études sur les jumeaux, sur lesquelles on se base beaucoup et qui sont le fonds de commerce des chercheurs en génétique, font l’objet de nouvelles critiques.
Les études de parenté portant sur les familles, les jumeaux et les personnes adoptées sont collectivement appelées « recherche génétique quantitative ». Bien que les études familiales constituent une première étape nécessaire, elles sont largement considérées comme incapables de démêler les rôles potentiels des facteurs génétiques et environnementaux. Parce que les membres d'une famille partagent un environnement et des gènes communs, la découverte d'un trait « héréditaire » peut s'expliquer par des facteurs génétiques ou environnementaux (Joseph et Ratner, 2013, p. 96-97).
Joseph et Ratner (2013) soutiennent que :
La méthode des jumeaux est un instrument défaillant pour évaluer le rôle de la génétique, étant donné la probabilité que les comparaisons entre jumeaux monozygotes (ou « identiques ») et jumeaux dizygotes (ou « fraternels ») de même sexe mesurent les influences environnementales plutôt que génétiques. Par conséquent, toutes les interprétations antérieures des résultats de la méthode des jumeaux en faveur de la génétique sont potentiellement erronées… Nous partageons l'avis de trois générations de critiques qui ont écrit que la méthode des jumeaux n'est pas plus à même qu'une étude familiale de démêler les rôles potentiels de l'inné et de l'acquis (p. 100).
Si les études sur les jumeaux sont elles-mêmes problématiques, cela change considérablement la donne dans le débat sur l’autisme, où les études sur les jumeaux sont systématiquement acceptées sans réserve par les responsables de la santé publique.
VII. Évolution de la perception scientifique de la génétique en lien avec les troubles du spectre autistique
Herbert (2013) confirme les critiques des théories génétiques de la causalité, notamment en ce qui concerne l'autisme. Elle écrit : « Les données probantes font évoluer la conception de l'autisme, passant d'une encéphalopathie cérébrale génétiquement déterminée, statique et permanente à une perturbation multi-déterminée des systèmes dynamiques ayant des répercussions chroniques sur le cerveau et le corps » (p. 129).
Plus tard, elle reconnaît les théories environnementales de la causalité :
La documentation de l’inflammation cérébrale et de l’activation immunitaire dans l’autisme a changé la donne, car il est devenu clair que nous n’avions pas affaire à des tissus sains câblés différemment, mais plutôt à des cerveaux qui avaient des problèmes de santé avec leurs cellules (p. 136).
Elle continue:
Compte tenu des observations cliniques d'amélioration transitoire, de rémission ou de rétablissement persistants et de réponse aux interventions métaboliques, il devient nécessaire de se demander si le cerveau autiste est véritablement et intrinsèquement « défectueux » ou plutôt « obstrué », du moins dans de nombreux cas. Ces nombreux épisodes cliniques indiquent que les capacités cérébrales sont présentes, du moins dans de nombreux cas, mais qu'il existe un problème d'organisation des moyens d'expression, d'organisation des sensations en perceptions et/ou en constructions. De ce point de vue, l'autisme s'apparente davantage à une « encéphalopathie » – une obstruction des fonctions cérébrales, possiblement liée à une activation immunitaire ou à un dysfonctionnement métabolique. Si tel est le cas, la recherche et les soins devraient être davantage orientés vers la maîtrise de l'encéphalopathie afin que les personnes puissent exprimer leur plein potentiel (p. 139).
Herbert (2013) dépeint le domaine de la génétique comme aveuglé par sa propre arrogance. Elle soutient que, compte tenu des taux d'autisme alarmants (et en augmentation), « tout ce que nous pouvons faire au plus vite pour endiguer la vague devrait être une mesure de santé publique éminente » (Herbert, 2013, p. 144). Elle soutient également : « De toute évidence, les mythes génétiques constituent un problème dans l'autisme et font partie des obstacles à la mise en œuvre d'une campagne de santé publique de grande envergure visant à réduire les risques environnementaux » (Herbert, 2013, p. 145-146).
Herbert (2013) évoque également la nécessité d'une sorte de médecine venue d'en bas. Elle écrit :
Les tabous entourant certains traitements alternatifs utilisés par les parents ont empêché de nombreux professionnels de se familiariser avec les méthodes et les fondements de ces approches. Au fil du temps, les exemples de réussite d'enfants (et même de certains adultes) ayant considérablement réduit la gravité de leurs problèmes, voire perdu leur diagnostic, se sont accumulés, et une attention scientifique sérieuse a commencé à être accordée à ces phénomènes. Comme mentionné précédemment, les principes fondamentaux de ces thérapies incluent la prise en compte des sous-composantes de « l'autisme » comme des problèmes résolubles, réduisant ainsi la pression sur l'ensemble du système afin qu'il ait plus de chances de se rééquilibrer (p. 145).
Si, comme le suggère Herbert, ce sont les parents, et non les médecins, qui sont à la pointe de la recherche thérapeutique, cela soulèverait de nombreuses questions sur l'épistémologie et l'état actuel de la science et de la médecine. La hiérarchie épistémologique établie par la science et la médecine traditionnelles place les médecins spécialistes au-dessus des médecins, qui sont au-dessus des parents. Mais est-il possible que, dans le cas de l'autisme, cette hiérarchie soit inversée ? De plus, si, comme le soutient Herbert, les observations et les intuitions des parents produisent de meilleurs résultats thérapeutiques, pourraient-ils également avoir raison sur les causes de l'autisme ?
VIII. L'économie politique de la recherche génétique
Alors, si les explications monogéniques des maladies ne sont pas cohérentes avec les preuves scientifiques du fonctionnement de la plupart des maladies, pourquoi les sociétés de biotechnologie, les médias populaires et le CDC continuent-ils de promouvoir la recherche de telles explications ?
De toute évidence, le modèle qui sous-tend les promesses du génie génétique est excessivement simpliste. Mais ce qui rend la situation encore plus problématique, c'est que les séquences d'ADN, une fois isolées ou synthétisées, ainsi que les cellules, organes ou organismes dans lesquels elles sont insérées, peuvent être brevetées et ainsi devenir des formes de propriété intellectuelle. La science et le secteur du génie génétique ne font plus qu'un, et les efforts de compréhension fondamentale rivalisent avec la recherche du profit. Les rivalités professionnelles habituelles sont exacerbées par d'importantes rivalités financières, et l'interdépendance totale entre gouvernement, universités et industrie ne laisse guère de scientifiques désintéressés, exempts de conflits d'intérêts et dignes de confiance pour évaluer et critiquer les modèles scientifiques proposés ou leur mise en œuvre pratique sans éveiller les soupçons de poursuite d'intérêts financiers. À mesure que l'industrie biotechnologique étend son influence, les risques sanitaires et la pollution environnementale qu'elle engendre s'ajoutent à ceux que la chimie et la physique nous ont légués au cours du XXe siècle (Hubbard, 2013, p. 25).
Gruber (2013) s’inquiète de l’économie politique de la recherche génétique.
Il existe toujours un fossé important entre la recherche génétique fondamentale et ses applications cliniques, et ce fossé a été comblé par l'exagération, l'hyperbole et la fraude pure et simple. De même que les eugénistes du XXe siècle, fascinés par les travaux de Gregor Mendel, ont cherché à appliquer les principes de la génétique à la théorie sociale, de même les biologistes moléculaires et les communautés universitaires, commerciales et politiques au sein desquelles ils évoluent se sont enracinés dans une vision du monde qui considère la génomique comme le mécanisme le plus fondamental pour améliorer la condition humaine (p. 271).
Gruber (2013) soutient que la recherche génétique actuelle est « pleine d'orgueil et confine à la foi » (p. 271). Gruber (2013) soutient que la génomique n'a pas tenu ses promesses initiales et que l'orientation vers ce type de recherche a entraîné un déclin des innovations utiles.
Mais à mesure que les entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques ont concentré leurs investissements en recherche et développement sur la génomique, une chute brutale de la productivité a été observée. Elles n'ont pas été en mesure de maintenir un niveau d'innovation suffisant pour compenser la perte de revenus due à l'expiration des brevets de produits performants. Les critiques de cette tendance à la baisse insoutenable se sont principalement concentrées sur un mélange de réglementation excessive, de hausse des coûts, de cycles de vie plus courts des produits et d'inefficacités internes. Même si ces facteurs sont reconnus comme corrects, ils ne peuvent tout simplement pas expliquer pourquoi, entre 1998 et 2008, la production de nouvelles entités moléculaires (NEM) a chuté de près de 50 %, et le succès des essais cliniques de stade avancé a chuté de manière tout aussi spectaculaire (Pammolli et Riccaboni, 2008) (p. 274).
La recherche génétique et génomique n'est pas tant motivée par la quête idéalisée de connaissances scientifiques telle que la proposait Merton, ni même par les forces capitalistes traditionnelles de l'offre et de la demande de produits répondant à un besoin de la société. Elle existe plutôt grâce à une combinaison unique de financements publics, créés par le lobbying des biotechnologies pour obtenir ces financements, et d'investissements spéculatifs qui misent davantage sur l'espoir et le battage médiatique que sur la preuve de l'efficacité des traitements (Gruber, 2013, p. 100). La capitalisation boursière totale des 25 plus grandes entreprises de biotechnologie (qui incluent la génétique et la génomique) s'élevait à 990.89 milliards de dollars en 2014, 1.225 2015 milliards de dollars en 1.047 et 2016 2016 milliards de dollars en 35 (Philippis, 2008). Les États-Unis dépensent plus que tout autre pays en recherche génétique (XNUMX % du total mondial) ; un tiers du total provient du gouvernement et deux tiers de l’investissement privé (Pohlhaus et Cook-Deegan, XNUMX).
La Biotechnology Innovation Organization (BIO) est la principale association professionnelle du secteur de la génétique et de la génomique. Créée en 1993, BIO est issue de la fusion de deux associations industrielles de biotechnologie plus petites (Sourcewatch, nd). Ses plus de 1,100 1.6 membres comprennent des entreprises de génétique et de génomique, ainsi qu'un large éventail d'entreprises pharmaceutiques, agricoles et médicales qui emploient 1993 million de personnes aux États-Unis (BIO, 2007). De 2016 à 8, BIO a consacré en moyenne XNUMX millions de dollars par an au lobbying (Sourcewatch, nd). Elle a obtenu un succès remarquable en faisant pression sur le gouvernement américain pour obtenir des financements, des réglementations et des dispositions fiscales favorables à ses entreprises membres.
Par exemple, de 1993 à 2014, le budget du NIH est passé de 10 milliards de dollars à plus de 30 milliards de dollars. En 2016, le budget du NIH s'élevait à 32.6 milliards de dollars, dont 8.265 milliards de dollars consacrés à la recherche génétique et génomique, qui comprend les catégories génétique, thérapie génique, essais cliniques de thérapie génique et tests génétiques (US DHHS, 2016). Mais ce chiffre sous-estime le total dépensé pour la recherche génétique, car des recherches génétiques sont également menées dans d'autres catégories de maladies inscrites au budget du NIH. BIO a obtenu 1 milliard de dollars de crédits d'impôt pour les entreprises de biotechnologie dans le cadre de la législation fédérale sur les soins de santé de 2011 (Gruber, 2013, p. 277). BIO fait régulièrement pression sur la FDA pour qu'elle accélère les délais d'approbation des interventions médicales (Weisman, 2012).
Gruber (2013) note que de nombreux universitaires et départements scientifiques se sont enrichis grâce à leurs liens avec des entreprises de biotechnologie. « Les universités devraient être des lieux où l'on cultive un scepticisme sain à l'égard des affirmations concernant la science et ses applications. Mais plus que presque toute autre entreprise de haute technologie, l'industrie biotechnologique entretient des liens extrêmement étroits avec des institutions universitaires de premier plan… » (Gruber, 2013, p. 277).
Le financement public de la recherche génétique persiste, malgré le fait qu'il s'agisse d'une approche moins prometteuse que l'atténuation des facteurs environnementaux ou liés au mode de vie. « Compte tenu des nombreuses interactions complexes qui sous-tendent la quasi-totalité des maladies humaines, même l'amélioration des approches existantes pour identifier et modifier les facteurs de risque génétiques aura souvent bien moins d'intérêt que la modification des facteurs de risque non génétiques » (Gruber, 2013, p. 280). Mais là encore, s'attaquer aux facteurs environnementaux ou liés au mode de vie – c'est-à-dire réduire les effets néfastes – n'est généralement pas rentable. Les élus et les régulateurs américains étant sous la coupe des intérêts des entreprises, le Congrès finance la recherche génétique au détriment de pistes plus prometteuses (mais moins rentables).
À l'instar d'Herbert (2013), Gruber (2013) estime que l'accent mal placé mis sur la génétique occulte des recherches plus prometteuses tout en n'apportant que peu d'améliorations en matière de santé publique. « La promesse de la génomique a peut-être fourni aux décideurs politiques un argumentaire simple en faveur de l'investissement dans la recherche fondamentale en santé, mais elle a conduit à de mauvaises décisions de leur part et s'est avérée insuffisante pour promouvoir l'amélioration de la condition humaine » (Gruber, 2013, p. 282).
Comme Mirowski (2011), Gruber (2013) voit un système entier dangereusement déséquilibré.
Bien que ceux qui agissent par pur intérêt économique portent une grande part de responsabilité dans la place exagérée qu'occupe actuellement la génomique dans l'orientation générale de la recherche, ce sont en fin de compte les scientifiques et les chercheurs eux-mêmes qui en portent une grande part de responsabilité. Le système actuel d'évaluation de la productivité de la recherche, combiné aux exigences de publication et d'attraction de financements privés et publics, exerce une pression énorme sur les chercheurs pour qu'ils réalisent, publient et défendent leurs découvertes « révolutionnaires ». À cela s'ajoute la pression supplémentaire des revues pour qu'elles publient des articles « d'impact ». Par conséquent, peu de chercheurs en génomique s'expriment publiquement, et le vide qui en résulte a été comblé par une distorsion de la science sans équivalent dans aucune autre discipline (p. 282).
Latham et Wilson (2010) ont la critique la plus acerbe de l’économie politique :
Les politiciens apprécient le déterminisme génétique comme théorie des maladies, car il réduit considérablement leur responsabilité dans la mauvaise santé des populations. Les entreprises apprécient le déterminisme génétique, là encore parce qu'il déplace les responsabilités. Les chercheurs en médecine sont également favorables au déterminisme génétique. Ils ont constaté que lorsqu'ils se concentrent sur la causalité génétique, ils peuvent mobiliser des fonds pour la recherche relativement facilement. Conscients de leur valeur, ces groupes ont eu tendance à élever les explications génétiques des maladies au rang de faits scientifiques incontestés, rendant ainsi leur domination des débats officiels sur la santé et la maladie naturelle et logique. Ce même état d'esprit se reflète avec justesse dans les médias, où même les liens environnementaux forts avec les maladies reçoivent souvent peu d'attention, tandis que les associations génétiques spéculatives peuvent faire la une des journaux. Il est étonnant de constater que tout cela se soit produit alors que les gènes responsables de maladies courantes étaient essentiellement des entités hypothétiques.
En ce qui concerne l’autisme, ce qui a commencé à ressembler à l’incarnation de la science de pointe dans la course à la compréhension d’une maladie, commence à ressembler à une distorsion de la science et à une distraction par rapport à des voies de recherche plus prometteuses, motivées par des intérêts financiers plutôt que par le souci de la santé publique.
IX. Conclusion
Dans les années 1990 et 2000, le gouvernement et l'industrie avaient une théorie selon laquelle les gènes seraient responsables des maladies, théorie aujourd'hui largement réfutée. Entre-temps, toute une industrie et une infrastructure de santé publique se sont construites autour de cette idée. Ainsi, lorsque la théorie sous-jacente a été discréditée, ses partisans l'ont simplement modifiée (pour la recherche de la « matière noire manquante ») afin que l'industrie puisse perdurer et continuer à recevoir des financements publics. Lorsque ce programme de recherche en constante évolution produit des entreprises rentables et des scientifiques bien rémunérés, mais ne contribue guère, voire pas, à réduire la souffrance humaine, cela constitue un énorme problème pour la société.
Il n'en demeure pas moins que Gilbert et Miller (2009), Landrigan, Lambertini et Birnbaum (2012), l'American College of Obstetricians and Gynecologists (2013) et Bennett et al. (2016) ont tous conclu que l'autisme et d'autres troubles du développement neurologique sont probablement causés par des facteurs environnementaux et peuvent donc être évités par des mesures législatives et politiques. Même si des recherches génétiques et génomiques sophistiquées permettent de trouver des moyens de réduire les symptômes et la gravité de la maladie, il sera toujours beaucoup plus rentable (et plus éthique) de prévenir l'autisme en premier lieu en évitant l'exposition des enfants aux produits chimiques toxiques.
Actuellement, la recherche génétique absorbe la majeure partie du financement de la recherche sur l'autisme et empêche l'émergence de stratégies de prévention plus efficaces. Cela semble refléter le pouvoir politique des entreprises de biotechnologie qui cherchent à façonner le programme de recherche en fonction de leurs intérêts, plutôt que les meilleures pratiques scientifiques ou l'intérêt supérieur de la société.
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