Un cadre pour comprendre les agents pathogènes, expliqué par Sunetra Gupta

Au début de l'année dernière, il est devenu évident que les connaissances sur les virus et la société - nous devons de toute urgence penser différemment à ce sujet - resteraient précieuses pendant un certain temps. Il serait difficile d'écrire sur des politiques terribles sans une certaine capacité à contrer la panique de la maladie. 

En effet, le lobby du verrouillage s'est appuyé sur l'argument par intimidation. Ils connaissent les virus. Vous ne faites pas. Ils connaissent la santé publique. Vous ne faites pas. Ils ont des modèles précis et complexes. Vous ne faites pas. Ils ont des nominations universitaires et des postes de pouvoir. Vous ne faites pas. 

Les gens qui seraient normalement favorables à la primauté de la liberté, de la propriété et de la loi se sont tus, comme s'ils étaient intellectuellement dépassés. Le public, manquant lui aussi de connaissances, a accepté les confinements. Les politiciens ont paniqué, balayant tout ce qu'ils pensaient savoir sur la bonne gouvernance. 

Une grande partie de cette raison, cela m'a frappé, était l'excuse farfelue, compliquée, étrange et apparemment sans précédent pour faire des choses terribles à notre société et à notre économie. L'agent pathogène était si terrifiant, disaient-ils, que rien des traditions américaines ne s'appliquait. Il faudrait aller le Route de la Chine. 

Qui devait dire le contraire ? Ces gens appelés « épidémiologistes » sont devenus nos nouveaux maîtres. Notre travail était de nous soumettre. 

En réalité, la science ne devrait pas être ainsi. Si vous voulez bouleverser la vie telle que nous la connaissons, cela ne devrait pas simplement reposer sur l'affirmation du pouvoir par des experts. Il doit y avoir une raison compréhensible, quelque chose que tout le monde peut vraiment comprendre. Si les politiques que les scientifiques cherchent à mettre en œuvre sont efficaces, il n'y a aucune raison pour qu'ils ne puissent pas le démontrer au public.

Quel est précisément le lien entre les confinements et l'atténuation des maladies ? Où est l'histoire réelle lorsque cela a atteint l'objectif ? Et est-ce vraiment un germe sans précédent ? Comment se fait-il que nous n'ayons jamais rien fait de tel auparavant malgré la présence constante d'agents pathogènes dans nos vies ? 

Je devais savoir. J'ai donc entrepris un long voyage pour en apprendre davantage sur l'histoire des pandémies, la biologie cellulaire des virus et leur interaction avec la population humaine, la relation entre les pandémies et l'éventuel équilibre endémique, l'immunité collective et les vaccinations, et toutes les autres caractéristiques. des maladies infectieuses qui ont fait l'objet de tant de débats cette année. A aborder un sujet aussi redoutable que le confinement, et malgré mon manque de formation formelle dans le domaine, j'avais l'impression d'avoir besoin de connaissances et d'avoir l'obligation de transmettre ce que j'ai appris aux autres.

J'ai perdu le compte du nombre de livres que j'ai lus, y compris même des manuels scolaires de médecine sur les virus (quel travail !) ainsi que d'innombrables articles, en plus de probablement une centaine d'heures de cours en ligne. Ce n'était pas une perte de temps. Cela a été une aventure intellectuelle. J'en suis venu à considérer l'épidémiologie comme presque aussi fascinante que l'économie, surtout maintenant que les deux disciplines se sont entremêlées. 

Parmi tous ceux que j'ai lu, je viens de terminer un livre qui se démarque, et que j'aurais aimé avoir lu il y a un an et demi. C'est brillant, savant, précis, évocateur jusqu'à être visionnaire et capable de complètement déplacer le regard sur les pathogènes et l'ordre social. C'est une œuvre de génie. S'il est possible de mêler science dure, poésie, épidémiologie et sociologie, c'est bien ce livre. Ce n'est pas un énorme traité mais plus proche d'un essai prolongé. Chaque phrase est porteuse de sens. Le lire a non seulement fait battre mon cœur, mais a également fait courir mon imagination. C'est à la fois vivifiant et beau. 

L'auteur est la légendaire épidémiologiste théorique de l'Université d'Oxford, Sunetra Gupta, l'une des signataires de la Déclaration de Great Barrington. Le titre du livre que je trouve plutôt regrettable car il sonne froidement clinique plutôt que littéraire : Pandémies : nos peurs et les faits. Il aurait probablement dû s'appeler La science et la sociologie des maladies infectieuses or Pathogènes en une leçon. 

Le livre a été écrit en 2013. Je ne sais pas qui l'a commandé, mais je peux deviner la motivation de sa composition. Il y avait déjà la peur dans l'air qu'une pandémie arrivait. Près d'un siècle s'était écoulé depuis le dernier événement véritablement meurtrier, et les experts étaient nerveux. Bill Gates faisait déjà des pourparlers TED avertissant que la prochaine grande menace ne serait pas militaire mais émanerait plutôt du monde des germes. 

Cette paranoïa est née en partie des obsessions des gens pour la guerre numérique et les virus informatiques. L'analogie entre le disque dur et le système d'exploitation de l'ordinateur et le corps humain était facile à faire. Nous avions dépensé de vastes ressources pour sécuriser nos systèmes numériques contre les invasions. Nous devrions sûrement faire la même chose pour notre propre corps. 

Je suppose que le Dr Gupta a écrit ce livre pour familiariser les lecteurs avec la normalité des agents pathogènes et pour expliquer pourquoi il est peu probable qu'une maladie entièrement nouvelle et mortelle arrive pour anéantir de larges pans de la race humaine. Elle avait de solides raisons de douter qu'il y ait lieu de paniquer. Dans toute expérience humaine, la prise de germes et la minimisation de leur menace ont eu lieu avec des étapes marginales vers de meilleures thérapies, des soins médicaux, un meilleur assainissement, des vaccins et, par-dessus tout, une exposition. Une grande partie de ce texte traite de l'exposition - non pas comme une mauvaise chose mais comme un hack pour protéger le corps humain contre des conséquences graves. 

Avec les virus informatiques, la façon de les traiter est de les bloquer. Nos systèmes d'exploitation doivent rester parfaitement propres et exempts de tout agent pathogène. Pour que la machine fonctionne correctement, sa mémoire doit être pure et non exposée. Une exposition peut signifier la perte de données, le vol d'identité et même la mort de la machine. 

Malgré ce que Bill Gates semble croire, nos corps ne sont pas les mêmes. L'exposition à des formes plus bénignes de germes nous protège contre des formes plus graves. La mémoire cellulaire de notre corps est entraînée par l'expérience, non pas en bloquant tous les insectes mais en incorporant la capacité de les combattre dans notre biologie. C'est l'essence du fonctionnement des vaccins, mais plus que cela, c'est ainsi que fonctionne tout notre système immunitaire. Poursuivre un programme d'exposition zéro pathogène est la voie du désastre et de la mort. Nous n'avons pas évolué de cette façon et nous ne pouvons pas vivre de cette façon. En effet nous mourrons si nous prenons la route. 

J'hésite à mettre des mots dans la bouche du professeur Gupta mais je vais essayer de résumer la leçon majeure de ce livre. Les agents pathogènes seront toujours avec nous, leurs formes changeant toujours, et donc la meilleure protection dont nous disposons contre les conséquences graves de ceux qui nous menacent est l'immunité construite par l'exposition à des formes plus douces d'entre eux. Elle explore cette idée en profondeur, l'applique aux pandémies passées et examine les implications pour l'avenir. 

Pour illustrer, considérez son observation fascinante sur la grippe aviaire. "Il est révélateur", écrit-elle, "qu'aucune des victimes humaines de la grippe aviaire hautement pathogène n'appartienne aux professions les plus exposées à la grippe aviaire - vendeurs de poulets et fournisseurs de caillé de sang de cygne. Il est possible que leur exposition constante à des virus aviaires moins pathogènes leur ait conféré une certaine protection contre la mort due à la variante hautement pathogène.

Et cela témoigne des origines profondes du vaccin contre la variole :

Le vaccin contre la variole a été testé pour la première fois sur le fils du jardinier d'Edward Jenner en 1796, bien avant que la «théorie des germes» ne soit fermement établie en tant que concept scientifique raisonnable. Jenner avait, il y a quelques années, été admis à la Royal Society de Londres en raison de ses travaux fondateurs sur les coucous. À un moment donné, il a décidé de tester si le conte des vieilles femmes sur la variole des vaches protégeant contre la variole pouvait expliquer le teint clair des laitières du Gloucestershire qui lui apportaient son lait caillé et son petit-lait tous les matins. Il a donc persuadé James Phipps, le fils de huit ans de son jardinier, de se faire vacciner avec du pus provenant d'ampoules de cowpox qu'il avait obtenu d'une laitière locale. Elle s'appelait Sarah et la vache dont elle avait contracté l'infection virale s'appelait Blossom. Tout cela s'est passé dans un modeste presbytère géorgien du Gloucestershire, que l'on peut visiter aujourd'hui, pour profiter à la fois de l'intérieur agréable et de la tranquillité du petit jardin où le temple quelque peu grotesque de Vaccinia de Jenner occupe toujours une place de choix. Lorsque le jeune James a été «provoqué» par la variole (le terme technique pour infecter délibérément quelqu'un) après s'être remis du léger malaise de la cowpox, il n'a souffert d'aucun des symptômes classiques de la variole. Il n'a pas non plus, à aucune autre occasion ultérieure où il a été «testé» à nouveau, démontré aucun aspect de la terrible maladie.

Les applications de ce principe général sont nombreuses. Pourquoi la grippe espagnole a-t-elle été si virulente contre les jeunes tout en épargnant principalement les personnes âgées ? Elle suppose qu'il y avait eu toute une génération de jeunes qui n'avaient pas été exposés à la grippe. Les archives indiquent que pendant les 20 années précédentes, il n'y avait pas eu d'épidémies majeures de grippe, donc quand celle-ci a frappé après la Grande Guerre, elle a été particulièrement cruelle contre ceux qui avaient un système immunitaire naïf, dont la plupart avaient entre 20 et 40 ans. En revanche, les personnes âgées avaient été exposées à une grippe plus tôt dans leur vie, ce qui les avait imprégnées d'une immunité naturelle contre cette grippe plus mortelle.

Cela signifie-t-il qu'avec chaque nouvel agent pathogène, nous pouvons et devons nous attendre à une mort généralisée avant que ses dommages ne soient minimisés ? Pas du tout. Avec la plupart des agents pathogènes, il existe une corrélation négative entre la gravité et la prévalence. Les virus aux performances médiocres tuent rapidement leur hôte et ne se propagent donc pas - Ebola est ici le cas classique. "Tuer son hôte n'est pas le résultat le plus souhaitable pour un agent pathogène", écrit-elle. « En termes écologiques, cela constitue une forme de destruction de l'habitat. Lorsqu'ils tuent leurs hôtes, les agents pathogènes se tuent également, et c'est un désastre à moins que leur progéniture ne se soit déjà propagée à un autre hôte.

Des virus plus intelligents minimisent la gravité et peuvent ainsi se propager plus largement dans la population – le rhume en serait un bon exemple. "En étant moins destructeur, un bogue peut également augmenter ses chances de transmission", explique-t-elle. La dynamique intéressante est soumise à d'autres conditions telles que la latence - la période de temps pendant laquelle la personne infectée ne présente aucun symptôme et peut ainsi propager la maladie. Nous ne sommes donc pas en mesure de codifier des règles immuables de virus ; il faut se contenter des tendances générales que la science a pu observer au cours des siècles. 

Sur la base de ces observations, nous pouvons tracer une trajectoire générale du cycle de vie des nouveaux virus : 

Pour l'agent pathogène, l'hôte est une ressource ; ainsi, en tuant son hôte ou en le rendant immunisé, l'agent pathogène ronge en fait ses propres ressources. Cependant, une mort généralisée n'est pas nécessaire avant que la population d'agents pathogènes ne s'effondre et ne meure - il arrivera un moment dans le cours naturel de chaque épidémie où un hôte non immun deviendra très difficile à trouver, et la plupart des infections auront été éliminées avant qu'elles 'ai eu la chance de transmettre. En effet, la densité d'hôtes sensibles aura diminué, soit parce qu'ils sont désormais immunisés, soit parce qu'ils sont morts. Et ainsi l'épidémie commencera à diminuer et finira par s'épuiser. Une fois que la maladie a suivi son cours, la population hôte peut commencer à se rétablir et tenter de revenir à sa densité d'origine. Avec le temps, la proportion d'individus sensibles dans une population devient suffisamment élevée pour que la maladie revienne, mais - à moins qu'une maladie ne revienne pas dans une population pendant très longtemps - la deuxième épidémie sera toujours plus petite, et la troisième fois , plus petit encore. En effet, une grande partie de la population sera toujours immunisée chaque fois qu'une autre épidémie se déclarera. Finalement, un équilibre est atteint où l'agent infectieux tue un nombre constant d'individus chaque année, ce qui représente une très faible proportion de ce qu'il pourrait atteindre en « sol vierge ». A ce stade, la maladie est dite « endémique » plutôt qu'épidémique.

Certes, l'atteinte de cet équilibre endémique ne signifie pas que le virus n'est plus une menace. Lorsqu'un virus rencontre une génération ou une tribu ou un territoire où la mémoire immunitaire n'est pas préparée, il peut en effet être à nouveau méchant. La lutte entre nous et les insectes est sans fin, mais notre corps nous a bien équipés avec d'énormes avantages, tant que nous sommes sages quant à sa gestion biologique. 

Comme autre observation fascinante, elle spécule que la technologie du voyage a conduit à une plus grande exposition aux agents pathogènes au 20e siècle que jamais dans l'histoire. Cela a pu contribuer de façon majeure à l'étonnant allongement de la durée de vie au cours du XXe siècle, généralement de 20 ans à 48 ans. Nous sommes peut-être habitués à créditer une meilleure alimentation et une meilleure médecine, mais cette explication simple néglige la contribution majeure de systèmes immunitaires bien entraînés partout dans le monde. Je le dis ici : je trouve cette idée tout simplement étonnante. 

Je ne peux m'empêcher de transmettre sa description remarquablement vivante des différentes «armoires» que possède chaque agent pathogène. Imaginez que chacun vienne avec un placard plein de vêtements et de déguisements, chaque tenue représentant une souche ou une variante. Certains agents pathogènes viennent avec une vaste collection. Le paludisme en est un exemple. Il est toujours en train de muter et de changer, et il devient donc extrêmement difficile de le chasser et finalement de le détruire avec un vaccin. Pendant de nombreuses décennies, les scientifiques ont supposé qu'ils pouvaient le maîtriser, mais ce n'était pas le cas. C'est également vrai pour les virus de la grippe, qui « ont un uniforme différent pour chaque saison. Un instantané de la population virale les trouve toujours habillés à l'identique, mais au fil du temps, ils changent - de concert - d'une tenue à l'autre, provoquant de nouvelles épidémies successives. C'est pourquoi le vaccin contre la grippe n'est pas toujours efficace d'une année sur l'autre ; les scientifiques doivent faire leur meilleure estimation du type et du style de vêtements que portera la variété de cette année. 

Un exemple de virus avec une garde-robe peu impressionnante est la rougeole. Il n'a qu'un seul uniforme donc il a été possible de s'identifier et finalement de se débrouiller à la quasi-perfection avec un vaccin. 

Revenons maintenant à la question initiale qui a conduit à l'écriture de ce livre. Quelle est la probabilité que nous soyons confrontés à un agent pathogène mortel qui anéantit de larges pans de l'humanité par une propagation incontrôlée d'une manière à laquelle notre corps est incapable de résister ? Elle ne parle pas en absolu mais plutôt en probabilités. Sa réponse est la suivante : c'est très peu probable étant donné l'état actuel des voyages internationaux et une large exposition incessante, qu'elle considère comme positives plutôt que négatives.

Notre expérience ultérieure avec le SRAS-CoV-2 confirme son observation. Le bogue n'a pas contrarié la Chine et ses pays environnants presque autant qu'il l'a fait en Europe et en Amérique en partie à cause de la propagation en 2003 de son prédécesseur le SRAS-CoV-1, car des immunités s'étaient accumulées dans la population exposée suffisamment pour fournir une forte mesure de protection. Le profil immunitaire de ces populations est devenu très différent du nôtre en raison de cette expérience antérieure. Recherche existante soutient cela. 

Certes, beaucoup de gens affirment aujourd'hui que Covid-19 est en effet le virus tueur qui avait été prédit par Bill Gates et d'autres il y a 15 ans. Il croit certainement que c'est vrai, et le Dr Fauci est d'accord. En vérité, nous attendons toujours des éclaircissements sur cette question. Il y a un certain nombre de facteurs qui feraient valoir que notre expérience avec Covid-19 confirme les observations de Gupta. L'âge médian du décès dû à cet agent pathogène est de 80 ans - ce qui, dans de nombreux pays, est en fait supérieur à la durée de vie moyenne. Quant à la relation inverse entre la prévalence et la gravité, les dernières estimations mondiales du taux de mortalité par infection placent la maladie beaucoup plus proche de la grippe qu'on ne le pensait au début de la maladie.

Lors de l'évaluation de la gravité, nous devrions examiner les résultats graves et ne pas nous alarmer des cas signalés par les tests PCR. Pas question qu'il soit répandu mais est-ce un tueur ? Il comporte un taux de survie de 99.9% en général et un taux de mortalité (IFR) pour les moins de 70 ans à 0.03%. Si nous vivions aussi longtemps qu'en 1918 (56 ans), cette maladie serait passée inaperçue. 

Il y a une ironie remarquable à cela : la force de notre système immunitaire nous a accordé des vies incroyablement longues, ce qui nous rend à son tour plus sensibles aux insectes alors que notre système immunitaire s'use finalement vers la fin de la vie. Cela pose aussi un sérieux problème de classification des causes de décès, qui relève autant de l'art que de la science. Le CDC rapporte que 94 % des personnes classées comme étant décédées du SRAS-CoV-2 avaient au moins deux problèmes de santé graves en plus du germe en question. 

De même, 78% des cas graves aux États-Unis étaient en surpoids ou obèses, un fait qui devrait inciter à réfléchir sur les modes de vie américains plutôt qu'à la conclusion que la maladie est particulièrement mortelle. Il faudra de nombreuses années avant que nous obtenions des éclaircissements sur la question que tout le monde se posait au début de 2020 : quelle sera la gravité de cette situation ? Il est probable, compte tenu de toutes les confusions sur les données et la démographie, que la réponse finale sera : pas vraiment. 

La principale importation de ce livre évocateur est d'apporter non pas la panique à propos des agents pathogènes, mais plutôt une sagesse apaisante. Nous avons évolué à leurs côtés. Nous les comprenons mieux que jamais. Nos expériences de vie nous ont accordé une résilience remarquable. Dans la danse dangereuse de la nature entre nos corps et les insectes, nous jouissons maintenant d'un plus grand avantage que jamais auparavant dans l'histoire. 

Cela ne veut pas dire qu'il n'y a pas un aspect effrayant dans ce livre. J'ai quitté le texte non pas avec une peur de la maladie mais avec une peur différente, celle d'un système immunitaire naïf. Lorsque les virus tuent le plus efficacement, c'est lorsqu'ils trouvent un hôte totalement inexpérimenté pour les affronter. C'est la terreur qui devrait nous tenir éveillés la nuit. 

Le livre ne traite nulle part des verrouillages en tant que tels. Ce n'est pas un livre politique. Mais on sait précisément où se situe l'auteure sur la question grâce à ses nombreux entretiens et écrits au cours de cette pandémie. Elle les trouve désastreuses, non seulement parce qu'elles ne font rien pour atténuer le virus, et non seulement parce qu'elles créent de vastes dommages collatéraux, mais aussi parce qu'elles nous emmènent exactement dans la direction opposée à celle où nous devrions aller. 

Ce dont nous avons besoin pour affronter un nouvel agent pathogène, c'est un mur mondial d'immunité qui vient du fait de vivre avec des germes qui ne s'en échappent pas, se cachant dans nos maisons, imposant le fardeau de l'immunité collective aux travailleurs «essentiels» tandis que le reste d'entre nous se prélasse dans notre germe -les domestiques libres de regarder des films et de parler à d'autres humains uniquement par vidéo, tout en se masquant chaque fois que nous sommes en public. 

Après avoir lu ce livre, je suis plus impressionné que jamais par les incroyables dangers pour la santé que soulève la pratique consistant à craindre, cacher, isoler, désinfecter, masquer, suivre et faire semblant de tracer, stigmatiser les malades et traiter tous les agents pathogènes comme des créatures. à détruire avant qu'ils ne nous atteignent plutôt qu'en tant qu'associés infatigables dans l'entreprise de survie. 

Pourquoi au 21e siècle tant de gens ont choisi d'oublier ce que nous avons appris au cours du 20e siècle est un véritable mystère. Heureusement, ce livre offre un moyen élégant de retrouver nos sens et de poursuivre une approche plus scientifique des pandémies à l'avenir.

Tiré à part de AIER